Civitella Paganico è un comune suddiviso in diversi centri abitati, oggi frazioni comunali. Il comune venne unificato a quello di Paganico, comprendente anche Civitella Marittima, a partire dal 5 febbraio del 1928. La zona fu un insediamento sin dai tempi più antichi occupato da differenti centri di villanoviani e poi etruschi, passati quindi sotto il dominio romano. Alla successiva fine dell’impero romano i territori si andarono spopolando mentre le valle dell'Ombrone si era andata impaludendo. Con i Longobardi si ebbe una nuova occupazione del territorio, che passò quindi sotto il dominio feudale degli Ardengheschi e a vari signori locali. Dopo la conquista di conquista di Siena il territorio passò alla metà del XVI secolo al Granducato di Toscana.